بنيت في الأصل ككنيسة القديسة صوفيا

يقع متحف آيا صوفيا على بعد 3.8 كم من زورلو جراند هوتيل وكان في الأصل كنيسة يطلق عليها كنيسة القديسة صوفيا (كنيسة الحكمة الإلهية) إبان عصر مانويل الأول كومنينوس (1238-1263). برج جرس يعود إلى عام 1427 بناه الرحالة والمؤرخ البريطاني جورج فينلي والذي يقف منتصباً بالناحية الغربية من الكنيسة

 

تحولت الكنيسة بعد فتح السلطان محمد الثاني لمدينة طرابزون إلى مسجد كما أصبحت حينها أيضاً وقفاً. ظلت كنيسة القديسة صوفيا مصدراً لجذب انتباه الرحالة والمؤرخين الزائرين لمدينة طرابزون. فقد ذكرها الرحالة أوليا جلبي في عام 1638 ومثله بيتون تورنفورت (1701) ووليام جون هاميلتون (1836) وتشارلز تكسييه (1864) وطرابزون شاكر شوكت (1878) وهنري فينيس بلوس لينش (1893) على سبيل المثال لا الحصر. تعرض المسجد للتهدم بشكل كبير وخضع لعملية ترميم كبيرة في عام 1868 التي كانت نتاج جهود رضا أفندي البورصالي

 

وأثناء الحرب العالمية الأولى، خدم البناء أول ما خدم كمستودع عسكري ثم تحول إلى مستشفى ثم إلى مسجد في النهاية. ثم خضع بعد ذلك إلى عملية ترميم أخرى كبيرة ما بين عامي 1958-1962 في مشروع تم بالشراكة بين المديرية العامة للمؤسسات وجامعة ادنبرة. أغلق بعدها لفترة من الزمن وأعيد افتتاحه كمتحف في عام 1964. تصور معظم الجداريات التي تزين القديسة صوفيا مشاهداً من العهد الجديد. كما يغطي القبة الرئيسية تصوير للرب يسوع المسيح. ويحيط بالصورة مجموعة من النقوش ويقع أسفلها إفريز من الملائكة. أما المسافات الفاصلة بين النوافذ فتحتوي على مشاهد للحواريين الاثنى عشر بينما تتزين داعمات الأركان بالقبة بمشاهد من حياة المسيح كالميلاد والتعميد والصلب والقيامة. تحتوي الرصائع الدائرية على الأقواس الخلفية من المبنى على لوحات فنية. كما تحتوي السراديب على المزيد من مشاهد العهد الجديد